[Python] Pybedtools.

[Loris Mularoni]

2015-04-20 8:59 GMT+02:00 BenedettaB24 . <benedetta.brunetti a gmail.com>:

> Salve,
>

​Ciao Benedetta

​


> sto studiando genomica e vorrei usare il pacchetto PyBedtools per lavorare
> sui miei dati visto che PyBedtools può essere lanciato contro file con
> diverse estensioni.
> Questo è quello che ho messo prendendo il format trovato in alcune pagine
> internet.
> Ma non riesco a capire come farlo funzionare perchè non mi da un errore ma
> si blocca subito, quando la mia analisi dovrebbe durare almeno 2 giorni di
> processamento.
> uso il seguente script:
>
> #!usr/bin/python
>
> from pybedtools import BedTool
>
> snps = BedTool('allSNAP_hg19.bed')
> genes = BedTool('chr1-y.tar.gz')
>
> intergenic_snps = snps.intersect(genes)
> nearby = genes.closest(intergenic_snps, d=True, stream=True)
>
> for gene in nearby:
>     if int(gene[-1]) < 1000:
>         print gene.name
>
> l'errore che mi da è:
> Error message was:
> It looks as though you have less than 3 columns at line: 1.  Are you sure
> your files are tab-delimited?ù
>



premetto che non ho mai usato PyBedtools, pero l'errore indica che almeno
uno dei files che leggi ('allSNAP_hg19.bed' e 'chr1-y.tar.gz'') non e' in
formato bed con 3 colonne. Sei sicura che il file con i chromosomi sia in
bed? E soprattutto, sei sicura che si possa leggere con BedTool un file
compresso?


​Ciao,​

​Loris​
-------------- parte successiva --------------
Un allegato HTML è stato rimosso...
URL: <http://lists.python.it/pipermail/python/attachments/20150420/3b546d42/attachment.html>