<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:'courier new',monospace"><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-04-20 8:59 GMT+02:00 BenedettaB24 . <span dir="ltr"><<a href="mailto:benedetta.brunetti@gmail.com" target="_blank">benedetta.brunetti@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Salve, </div></blockquote><div><br></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:'courier new',monospace;display:inline">​Ciao Benedetta</div></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:'courier new',monospace;display:inline"><br></div></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:'courier new',monospace;display:inline">​</div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>sto studiando genomica e vorrei usare il pacchetto PyBedtools per lavorare sui miei dati visto che PyBedtools può essere lanciato contro file con diverse estensioni.</div><div>Questo è quello che ho messo prendendo il format trovato in alcune pagine internet.</div><div>Ma non riesco a capire come farlo funzionare perchè non mi da un errore ma si blocca subito, quando la mia analisi dovrebbe durare almeno 2 giorni di processamento.</div><div>uso il seguente script:</div><div><br></div><div><div>#!usr/bin/python</div><div><br></div><div>from pybedtools import BedTool</div><div><br></div><div>snps = BedTool('allSNAP_hg19.bed')</div><div>genes = BedTool('chr1-y.tar.gz')</div><div><br></div><div>intergenic_snps = snps.intersect(genes)</div><div>nearby = genes.closest(intergenic_snps, d=True, stream=True)</div><div><br></div><div>for gene in nearby:</div><div>    if int(gene[-1]) < 1000:</div><div>        print <a href="http://gene.name" target="_blank">gene.name</a></div></div><div><br></div><div>l'errore che mi da è:</div><div><div>Error message was:</div><div>It looks as though you have less than 3 columns at line: 1.  Are you sure your files are tab-delimited?ù</div></div></div></blockquote><div> </div><div><br></div><div><br></div><div><span style="font-family:'courier new',monospace">premetto che non ho mai usato PyBedtools, pero l'errore indica che almeno uno dei files che leggi</span><font face="monospace, monospace"> ('<span style="font-size:12.8000001907349px">allSNAP_hg19.bed' e '</span><span style="font-size:12.8000001907349px">chr1-y.tar.gz'') non e' in formato bed con 3 colonne. Sei sicura che il file con i chromosomi sia in bed? E soprattutto, sei sicura che si possa leggere con BedTool un file compresso?</span> </font></div><div><br></div><div><br></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:'courier new',monospace">​Ciao,​</div><br></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:'courier new',monospace">​Loris​</div><br></div></div></div></div>