<div dir="ltr">Salve, <div>sto studiando genomica e vorrei usare il pacchetto PyBedtools per lavorare sui miei dati visto che PyBedtools può essere lanciato contro file con diverse estensioni.</div><div>Questo è quello che ho messo prendendo il format trovato in alcune pagine internet.</div><div>Ma non riesco a capire come farlo funzionare perchè non mi da un errore ma si blocca subito, quando la mia analisi dovrebbe durare almeno 2 giorni di processamento.</div><div>uso il seguente script:</div><div><br></div><div><div>#!usr/bin/python</div><div><br></div><div>from pybedtools import BedTool</div><div><br></div><div>snps = BedTool('allSNAP_hg19.bed')</div><div>genes = BedTool('chr1-y.tar.gz')</div><div><br></div><div>intergenic_snps = snps.intersect(genes)</div><div>nearby = genes.closest(intergenic_snps, d=True, stream=True)</div><div><br></div><div>for gene in nearby:</div><div>    if int(gene[-1]) < 1000:</div><div>        print <a href="http://gene.name">gene.name</a></div></div><div><br></div><div>l'errore che mi da è:</div><div><div>Error message was:</div><div>It looks as though you have less than 3 columns at line: 1.  Are you sure your files are tab-delimited?ù</div></div><div><br></div><div>Potete aiutarmi? grazie per la disponibilità</div><div>Benni</div></div>