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<body class='hmmessage'><div dir='ltr'><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);">Ciao a tutti, </span><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);">sono da poco (e per poco intendo veramente poco) nel mondo python. Sono alle prime armi e non me ne volete se non sono molto preparata. </span><div><font face="Arial, Verdana, Geneva, Bitstream Vera Sans, Helvetica, sans-serif"><span style="font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);">Al momento ho la necessità di eseguire dei test statistici (Kolmogorov-Smirnov test, Two Sample Tests, fit ai minimi quadrati) che erano inclusi in ASURV(analysis survival). Ho visto che python include questo pacchetto statistico. </span></font></div><div><font face="Arial, Verdana, Geneva, Bitstream Vera Sans, Helvetica, sans-serif"><span style="font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);">Il mio problema non sono tanto le routine in se per se (che mi sembrano facili) ma l'inserimento dati. I miei dati includono i famosi censored data (upper e lower limits) ed errori sulle misure. Io vorrei includere anche questi valori quando faccio correre questi test. </span></font></div><div><font face="Arial, Verdana, Geneva, Bitstream Vera Sans, Helvetica, sans-serif"><span style="font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);">Per essere più chiara mi scrivo un esempio (con dati a caso):</span></font></div><div><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br></span></div><div><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);">Ho due vettori di dati:</span><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"> </span></div><div><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);">x=<1, 2, 3, 4, 5, 6, 7> </span><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);">y=<5, 4, 7, 8, 9, 11, 12> </span><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);">Ciò che voglio vedere è se c'è una correlazione lineare tra questi due set di dati. Ciò che faccio è una cosa di questo genere: </span><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);">from scipy import stats </span><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);">import numpy as np </span><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);">x=<1, 2, 3, 4, 5, 6, 7> </span><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);">y=<5, 4, 7, 8, 9, 11, 12> </span><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);">slope, intercept, r_value, p_value, std_err = stats.linregress(x,y) </span><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);">Questa routine mi calcola il fit dandomi tutti i parametri che mi servono. Nei miei set di dati ci sono upper limit, cioè non detection (i famosi censored data), che voglio tenere in considerazione nel fit. In aggiunta ho un altro set di dati che riguardano gli errori sulle y. Io voglio includere anche questi parametri ma non so come fare. </span><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);">Io usavo ASURV per fare cose di questo genere tenendo in considerazione gli upper oppure i lower limits e in questo caso indicavo le detection (i valori effettivamente calcolati) con 0 e con 1 le nondetection (upper limit). Cioè generavo un file con tre colonne dove la prima colonna indicava il tipo di valore. </span><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);">Con python ho visto che questo è possibile perchè include molti metodi statistici di ASURV ma non riesco a capire come inserire questi valori. </span><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);">Spero di essere stata chiara. </span></div><div><br></div><div>Se qualcuno di voi ha competenze di questo genere e sa come far girare queste routine in python includendo censored data e errori sulle misure può aiutarmi?</div><div><br></div><div>Grazie mille </div><div><br></div><div>Chicca</div><div><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, 'Bitstream Vera Sans', Helvetica, sans-serif; font-size: 15px; line-height: 17.8231201171875px; background-color: rgb(255, 255, 255);"></div> </div></body>
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