[Python] Consigli per biologo

[python]

Grazie a tutti per le risposte. In effetti mi piacerebbe fare il bioinformatico e "vendere" i miei servigi a laboratori (coi quali in realtà già collaboro) che si occupano dei vari aspetti della biologia (genomica trascrittomica proteomica studio di sequenze modelli 3d )...dovrei quindi potermi occupare un po' di tutto....di strada devo percorrerne un bel po'!! 



Da: python-bounces a lists.python.it
A: "Discussioni generali sul linguaggio Python" python a lists.python.it
Cc: 
Data: Thu, 19 Mar 2015 15:34:42 +0100
Oggetto: Re: [Python] Consigli per biologo




> 2015-03-19 8:54 GMT+01:00 Stefano Gasbarro <python a gasbarro.eu>:
> Buongiorno a tutti ragazzi...mi presento sono Stefano da Roma e sono un biologo. ..é un pò che vi seguo ma non sono mai intervenuto. Prima di diventare biologo sono stato informatico per più di 10 anni ed ho un'infarinatura di programmazione. Mi sto approcciando a Python da poco e da "grande" mi piacerebbe fare il bioinformatico. Ho comprato la guida completa di Marco Buttu e la trovo ottima...mi servirebbe da voi un consiglio sugli strumenti necessari alla realizzazione di software per l'elaborazione dei dati scientifici...cosa usare per creare GUI...quali sono le potenzialità di Python per la biologia. ..insomma un quadro generale che vada oltre la mera programmazione.  Vi ringrazio e conplimenti per la mailing list!

> Ciao.


> Python è un buon linguaggio per la biologia, perchè è maturo e trovi molte librerie pronte.
> Per alcune di queste, ti basta una veloce ricerca "python biology":


> - NumPy
> - SciPy
> - Pandas
> - BioPython


> Addirittura c'è un libro:
> http://www.amazon.com/Python-Biologists-complete-programming-beginners/dp/1492346136



> Python però ha anche un grosso problema: non appeni esci "fuori dalle rotaie", ossia incominci a scrivere un algoritmo o simulazione numerica personalizzata, avrai un notevole calo delle prestazioni.  Infatti tutte le librerie numeriche per Python hanno il "cuore" scritto in C o Cython.


> Quindi molto dipende da quello che devi fare.
> Se le librerie disponibili fanno quello che cerchi, sei a posto; lo stesso se non hai problemi a scrivere codice C o Cython.


> Altrimenti valuta anche un altro linguaggio.
> Il problema è che linguaggi *veramente* alternativi a Python sono molto recenti, mi riferisco a Go e soprattutto a Julia, quindi non è una scelta facile.

> Fai qualche prova e vedi con cosa ti trovi meglio.
> Per mia esperienza:
> 1) Se cerchi la comodità e la disponibilià di tools maturi: Python> 2) Se cerchi un linguaggio ottimizzato per le applicazioni numeriche: Julia> 3) Se cerchi un linguaggio ottimizzato per l'ingegneria del software: Go


> Ciao  Manlio


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