[Python] Consigli per biologo

[Alessandro Re]

2015-03-19 7:54 GMT+00:00 Stefano Gasbarro <python a gasbarro.eu>:
> Buongiorno a tutti ragazzi...mi presento sono Stefano da Roma

Ciao Stefano da Roma :D Bravo per essere uscito dal guscio e "benvenuto"!

> strumenti necessari alla realizzazione di software per l'elaborazione dei
> dati scientifici...cosa usare per creare GUI...quali sono le potenzialità di
> Python per la biologia. ..insomma un quadro generale che vada oltre la mera
> programmazione. Vi ringrazio e conplimenti per la mailing list!

"Elaborazione di dati scientifici" è molto, anzi estremamente, vago.
Potrei benissimo dire che python da solo è sufficiente :) Ma forse
vuoi anche investire del tuo tempo per

- numpy e scipy
- matplotlib (per fare i grafici)
- pandas
- scikit-learn (se devi studare pattern, fare clustering, etc)

Per creare GUI, Python ha una sua libreria, tkinter, ma ti io
consiglio di usare PyQt. Se vuoi andare sul lato web come ha suggerito
Carlos benvenga, ma dipende molto cosa devi fare... Devi rappresentare
grafici? Devi mostrare l'evoluzione di qualcosa nel tempo? Devi
mostrare una griglia e studiare il vicinato? Devi guardare molecole
che si muovono nello spazio 3D? Insomma, le opzioni sono molte :)

"Potenzialità di python per la biologia", come ha detto Carlos,
bisogna un attimo capire cosa vuoi farci... Io mi sono occupato di
simulazioni biochimiche nella tesi e python va benissimo per fare
prototipi e interfacce (anche da riga di comando, e ti consiglio di
studiarti il modulo argparse)... Però a volte python non è abbastanza
efficiente e, in biologia/biochimica/systems biology, se ci fai
simulazioni, forse vuoi andarci pesante coi numeri e talvolta python
da solo semplicemente non ce la fa.

Comunque, al di la di queste informazioni sulle performance, Python ha
un gran bel potenziale. Probabilmente molte delle cose che vorrai fare
usciranno benissimo con python e ti saranno comunque utili, facili da
scrivere e sufficientemente veloci da eseguire (usa numpy).

A presto
~Ale